Данная ошибка возникает по причине того, что итоговые суммарные значения основной и  дополнительной счет-фактур не сходятся и в итоге у Вас получаются отрицательные значения.
К примеру, Вы выписали основной счет-фактуру на итоговую сумму 100 000 тенге по 5 позициям товара. Затем выписываете дополнительный счет-фактуру по полному возврату товара, но указываете в дополнительной Счет-фактуре сумму большую чем в основной счет-фактуре  (например: -110 000тг), соответственно суммируя основной и дополнительный счет-фактуры - итоговая сумма выходит отрицательной. Просим просмотреть итоговые значения сумм основного счет-фактуры и затем просмотреть суммарные значения дополнительного. Ошибка при выписке доп  счет-фактуры кроется именно в этом.
! Вам необходимо проверить если у этой основной СФ другие дополнительные СФ (возможно были отправлены ранее). Если есть другие дополнительные СФ, то возможно первоначальная ошибка заключается в том, что при складывании суммы в основной и всех дополнительных СФ общая сумма получается отрицательной.

Служба поддержки ИС ЭСФ